Nejdůležitějším obdobím v prevenci rozštěpových vad jsou první dva měsíce těhotenství, kdy u lidského zárodku dochází k utváření základů obličeje. Matky se zvýšeným rizikem narození dítěte s rozštěpovou vadou (rizikové prostředí, narození dítěte s rozštěpovou vadou v rodině) by v těhotenství měli na doporučení gynekologa, pediatra nebo genetika užívat správné vitaminové prostředky  a stopové prvky. Nejčastěji doporučované přípravky jsou:

-  Kyselina listová

-  Vitamin skupiny B

-  Vitamin C

- nebo kombinované preparáty

U kyseliny listové bylo v některých studiích zjištěno, že její užívání – nejlépe již 3 měsíce před plánovaným otěhotněním – redukuje výskyt rozštěpu patra u narozených dětí až o 65 %. Sporný je efekt vitaminu E, u kterého existuje riziko předávkování, stejně jako u všech vitaminů rozpustných v tucích. Také je třeba se vyhýbat vitamínu A a β-karotenům, které dokonce způsobují malformace při vývoji hlavové části u plodu. Negativní efekt je znám též u něterých antibiotik, cytostatik, kortikosteroidů a antiepileptik. Zvláště v těhotenství je nutno vyvarovat se alkoholu, nikotinu, drogám či lékům s možnými nežádoucími účinky pro těhotné!. Zhruba 3x až 4x je zvýšeno riziko narození dítěte s rozštěpem u matek diabetiček, epileptiček, u matek které kouří a které pijí nadměrně alkohol.

Nejčastějším zevním spouštěcím faktorem vzniku rozštěpové vady je ale viróza či chřipka v 2. měsíci gravidity. Je proto dobré se v první třetině gravidity vyhýbat všem infekčním prostředím a neprochladnout.

Pokud se v rodině již dítě s rozštěpem dříve narodilo, je dobré před dalším těhotenstvím podstoupit genetické vyšetření, při kterém bude stanoveno individuální riziko opakování rozštěpové vady u dalšího dítěte. Při zvýšeném riziku je pak v graviditě cíleně sledována oblast obličeje u plodu a pomocí moderních 3D ultrazvuků lze často rozpoznat i mírné formy rozštěpu.

Samotný výskyt rozštěpové vady není indikací k přerušení těhotenství, je ale indikací k amniocentéze či jiné metodě, která dovolí vyšetřit chromozómy plodu. Jen pokud je nalezena jejich abnormalita, pak je doporučováno přerušení těhotenství, protože lze předpokládat těžší vady v různých orgánech při současné přítomnosti rozštěpu.